La patogenia investiga el desarrollo de una enfermedad y la cadena de eventos asociados con ella, que paso a paso determinan los cambios morfofuncionales de las células y tejidos que pertenecen a los órganos afectados. Estas alteraciones pueden ser causadas por agentes químicos, físicos o biológicos (virus, bacterias, etc.).
Mientras que la etiología define las causas, la patogénesis estudia sus consecuencias.
Por lo tanto, al leer textos médicos podemos encontrar términos como: patogénesis microbiana, patogénesis inflamatoria, patogénesis viral, patogénesis maligna (tendencia de una enfermedad, generalmente tumoral, a empeorar progresivamente hasta que se vuelve potencialmente mortal). Muchas enfermedades reconocen diferentes factores causales (etiología multifactorial) y aún más numerosas son aquellas caracterizadas por diferentes mecanismos evolutivos (patogénesis múltiple).