El pH de las heces suele ser neutro o ligeramente alcalino (6.8 - 7.5). Las heces más ácidas, fisiológicas solo en el recién nacido, pueden indicar infecciones intestinales (Escherichia coli, Rotavirus) o trastornos digestivos, como lactosa o intolerancia a la grasa (esteatorrea por insuficiencia pancreática o estasis biliar).
Si el pH de las heces tiende a aumentar en presencia de disbiosis putrefactiva, tiende a disminuir en presencia de disbiosis fermentativa, cuyas causas de origen se encuentran en la ingesta excesiva de carbohidratos o en una mala absorción de la misma (enfermedad celíaca) . Incluso en presencia de una ingesta abundante de lípidos, en dietas vegetarianas y en ayunos prolongados, el pH de las heces se vuelve ácido.
Para evitar distorsionar los resultados del examen, las heces no deben estar contaminadas con orina y deben enfriarse rápidamente para evitar que el amoníaco urinario y las bacterias putrefactivas hagan que el pH fecal sea alcalino.