El diagnóstico de botulismo se basa en la identificación de la toxina de Clostridium botulinum en el laboratorio y en la observación de los síntomas clínicos, aunque a veces no sean específicos. De hecho, la enfermedad puede confundirse con el síndrome de Guillain-Barré, polio, accidente cerebrovascular, miastenia grave y parálisis por garrapatas.
En el botulismo alimentario, el cuadro de trastornos neuromusculares y la ingestión de alimentos potencialmente contaminados son pistas importantes. La manifestación simultánea en al menos 2 pacientes que comieron el mismo alimento simplifica el diagnóstico. La confirmación se obtiene al aislar el microorganismo con el cultivo de muestras de alimentos sospechosos o heces del paciente y con la identificación de toxina botulínica en alimentos o materiales biológicos (como sangre, jugo gástrico y vómitos).
En el botulismo de la herida, por otro lado, la búsqueda de toxina sérica o el aislamiento de Clostridium botulinum a partir de una muestra de la lesión de la piel confirman el diagnóstico.
