La fuerte acidez del contenido gástrico hace que el estómago sea un entorno particularmente hostil para los virus y las bacterias. Solo una especie, Helicobacter pylori, puede sobrevivir permanentemente y colonizar la mucosa gástrica humana. Por lo demás, la mayoría de los microorganismos ingeridos se destruyen rápidamente en unos pocos minutos.
Varios estudios realizados in vitro han demostrado que, debido a una acción bactericida amplia y efectiva, el pH debe ser particularmente bajo. Específicamente, un pH de 2.0 o menos generalmente mata todas las bacterias; sin embargo, dicha acidez está presente en el estómago solo en condiciones de ayuno, mientras que después de las comidas, la presencia de alimentos (el vehículo principal con el que las bacterias penetran en el estómago) eleva temporalmente el pH a valores de 4-5.
El factor tiempo también debe considerarse, ya que cuanto más bajo es el pH, menos tiempo se requiere para obtener una acción bactericida completa, y viceversa. Sin embargo, los valores de pH por encima de 3.5 tienen un efecto bactericida muy pobre, mientras que un pH de más de 4 tiene un efecto bactericida nulo.
La evidencia científica reciente demuestra que la actividad bactericida está determinada no solo por la acidez gástrica sino también por la pepsina (enzima proteolítica involucrada en la digestión de proteínas). Algunas enzimas presentes en el jugo gástrico, como las defensinas y la lactoferrina, también ejercen cierta actividad antibiótica.
En el frente microbiano, la supervivencia de varios microorganismos a la actividad bactericida de los jugos gástricos puede verse favorecida por el enlace con algunos constituyentes de los alimentos; por ejemplo, se ha demostrado que la virulencia de la salmonela es significativamente mayor cuando se introduce en el canal alimentario con alimentos proteicos contaminados (por ejemplo, huevos o carne).
Claramente, incluso el uso de fármacos antiácidos o inhibidores de la bomba de protones, que disminuyen el pH gástrico, promueve la supervivencia de las bacterias dentro del estómago. Además, a medida que aumenta la carga bacteriana (número de bacterias ingeridas), también aumenta la probabilidad de algún microorganismo.
El problema de las toxinas y las esporas también debe ser considerado. Las toxinas son sustancias producidas por bacterias o sus componentes, que pueden crear daños (intoxicación alimentaria) incluso cuando la bacteria es eliminada por la acidez gástrica. Las esporas son formas quiescentes en las que algunas bacterias se retiran cuando las condiciones ambientales son desfavorables, pero luego se reactivan tan pronto como lo permitan las circunstancias; Las esporas de Clostridium difficile, por ejemplo, exceden la acidez gástrica intacta y luego germinan en el estómago.
En comparación con las bacterias, los virus suelen ser más propensos a sobrevivir en el ambiente ácido del estómago. No es sorprendente que los virus pertenecientes a Norovirus (virus de Norwalk), Rotavirus, Astrovirus y Adenovirus estén a menudo involucrados en la aparición de formas diarreicas infecciosas (gastroenteritis viral).
