Además de las medidas de protección individual y el control ambiental del portador, la encefalitis japonesa se puede prevenir mediante la vacunación.
La vacuna Ixiaro, ya aprobada por la FDA (Food and Drug Administration) en los Estados Unidos y autorizada por la EMEA (Agencia Europea de Medicamentos), se administra por vía intramuscular en la región deltoidea (parte superior del brazo), en 2 dosis, la segunda de La cual se inocula 4 semanas después de la primera. Para una buena inmunización activa, el ciclo de vacunación debe completarse al menos una semana antes del posible contacto con el virus de la encefalitis japonesa.
La vacuna contra la encefalitis japonesa se recomienda para viajeros que permanecen al aire libre durante mucho tiempo en áreas endémicas, durante la temporada en la que es más probable la transmisión de la infección; sin embargo, no está indicado para personas menores de 18 años, embarazadas y lactantes.
