El origen exacto del virus de Marburg es aún desconocido. En la actualidad, se cree que la enfermedad de la cual es responsable puede ser una zoonosis, mantenida por uno o más animales nativos del continente africano. Sin embargo, la investigación realizada hasta la fecha no ha permitido identificar el reservorio natural de la enfermedad, aunque se han analizado muchos vertebrados y artrópodos.
Según la Organización Mundial de la Salud, los seres humanos no son parte del ciclo natural del virus, por lo que la infección básicamente se debería al contacto casual con otro primate infectado. De hecho, la transmisión se ha documentado a través de algunas especies de monos, que probablemente actúan como "huéspedes amplificadores" del virus de Marburg. Además, algunas evidencias sugieren que los primates a su vez pueden infectarse por exposición a los murciélagos .
